Grønland og Færøerne har hovedparten af ansvaret for deres sundhedsvæsen. Begge lande har dog fortsat samarbejde med Danmark på sundhedsområdet, herunder aftaler med regionerne om adgang til specialiseret behandling i Danmark.
Indenrigs- og Sundhedsministeriet i Danmark varetager opgaver relateret til lovgivning i Grønland og på Færøerne samt bidrag i forbindelse med de årlige rigsmøder og de to permanente kontaktudvalg, der er mellem Danmark (Statsministeriet) og henholdsvis Grønland og Færøerne. Dertil kommer en række løbende sager.
I 2012 blev der indgået fornyede aftaler om henholdsvis dansk-grønlandsk og dansk-færøsk sundhedssamarbejde, der varetages på embedsmandsniveau.